根据《关于印发贯彻落实2011年中央一号文件深入推进水利工程建设领域突出问题专项治理工作的实施方案的通知》（水建管〔2011〕125号），水利部制定并印发了《2013年水利工程建设领域突出问题专项治理工作要点》（水建管〔2013〕264号），从强化重点领域监督检查工作、加大重点环节突出问题治理力度、加强水利工程质量管理、加快水利工程建设项目信息公开和诚信体系建设、大力推进长效机制建设和严肃查处违纪违法案件等6个方面，明确了2013年水利工程建设领域突出问题专项治理的24项重点工作，对水利工程建设领域突出问题专项治理工作进行了全面部署。
2013年水利工程建设领域突出问题专项治理工作总体要求是：以加强水利建设质量管理为重点，以建立健全长效机制为基础，以强化监督检查为重要抓手，进一步加大对重点环节突出问题的治理力度，推动水利工程专项治理工作取得新成效，为中央加快水利改革发展的政策措施落到实处提供有力保障。
在强化重点领域监督检查方面，主要安排了以下工作：一是开展全国水库蓄水安全专项检查，深入排查水库蓄水和建设期间的安全隐患，确保水库安全运行；二是对所有2013年1月1日以来在建和竣工的水利工程开展质量隐患大排查，重点排查水利工程建设质量管理体系落实情况、水利工程质量管理工作程序执行情况和水利工程实体质量；三是对农村饮水安全项目和农田水利重点县项目建设情况、全国大型灌区节水改造规划执行情况、大型灌排泵站更新改造项目前期工作情况通过飞行检查、抽查和全面检查等方式进行专项检查；四是开展重点水土保持建设项目监督检查，主要对黄土高原地区淤地坝工程开展安全运用专项检查，对坡耕地水土流失综合治理试点工程进行督导检查；五是针对重点地区农村水电中小河流水能规划、建设管理、生态保护和安全生产等方面存在的问题，组织开展专项检查；六是开展重点水利项目稽察，2013年水利部拟组织6个批次、150个稽察组，完成约450个项目的稽察任务。同时，组织3个批次21个稽察组，对2012年稽察项目整改情况进行全面复核，对63个稽察项目进行重点复查。
在加大重点环节突出问题治理力度方面，要做好以下工作：一是进一步规范项目前期工作，保证项目前期工作经费和前期工作周期，严把审查审批关，确保项目前期工作成果达到技术标准要求深度，确保项目前期工作进度和质量满足工程建设需要；二是进一步规范建设实施管理，按照水利工程建设项目性质和类别的不同，规范项目法人组建模式；三是进一步规范项目招标投标活动，深入推进水利工程建设项目招标投标进入公共资源交易市场，强化招标投标全过程及标后履约监管，严厉打击违法行为，及时公布违法企业和个人不良行为记录；四是进一步规范建设资金安排使用，提高投资计划安排合理性，安排中央水利投资计划与各地建设进展和地方配套资金落实情况挂钩，督促地方及时落实配套资金，加强对建设资金的管理，加强规范政府采购程序，积极发挥水利审计“免疫系统”功能。
结合水利部对2013年水利工程质量管理年活动的有关部署，今年的专项治理工作将加强水利工程质量管理作为重点工作加以落实。一是加强质量法规制度的宣贯培训，开展质量知识竞赛，努力提升全行业质量意识；二是加强工程建设质量管理，落实从业单位质量主体责任；三是加强政府监督管理，大力推动县级质量监督机构建设，落实各级水行政主管部门对水利工程质量的监管责任；四是开展质量安全隐患排查，在项目稽察和专项检查中将工程质量作为重点检查内容，加大质量问题整治力度，严肃查处质量事故。
今年的专项治理工作还将着力推进水利工程建设领域长效机制建设，健全水利工程建设领域关键环节法规制度，整体提升水利工程建设管理水平。进一步加快水利工程建设项目信息公开和诚信体系建设，初步形成水利工程建设市场守信激励和失信惩戒制度，优化水利工程建设领域信用环境。同时，进一步强化水利工程建设领域廉政风险防控，开展水利工程建设领域廉政风险防控机制的成果推广，对水利工程建设领域的权力运行实施全过程监督制约，严肃查处水利工程建设领域违纪违法案件。
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